🩺 Arrêts de travail des contractuels : ce qui change au 1er septembre 2026.

Nouveau formulaire, durée des arrêts encadrée, règles de prolongation, contrôles médicaux… Depuis le 1er septembre 2026, les règles relatives aux arrêts de travail évoluent dans la fonction publique hospitalière (FPH).

Et les agents contractuels sont eux aussi concernés !

Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 modifie notamment le décret n° 91-155 du 6 février 1991, qui fixe les règles applicables aux agents contractuels de la FPH.

Alors, qu'est-ce qui change concrètement ? Et surtout, quelles sont les règles à connaître lorsque l'on est contractuel ?

On fait le point, sans jargon administratif. 👇

📄 1. Le nouvel arrêt de travail : attention au formulaire !

Depuis le 1er septembre 2026, les avis d'arrêt de travail établis sur papier doivent utiliser le formulaire Cerfa sécurisé prévu par la réglementation.

Cette nouvelle exigence concerne également les agents contractuels de la FPH.

Pourquoi cette évolution ? Principalement pour sécuriser les arrêts de travail et lutter contre les falsifications et les faux documents.

👉 Concrètement, si votre médecin vous remet un arrêt papier, il doit utiliser le formulaire sécurisé prévu à cet effet.

Et si l'arrêt est transmis de manière dématérialisée, la procédure électronique continue de s'appliquer.

🧠 Le bon réflexe

Arrêt papier = formulaire sécurisé.

Mieux vaut donc éviter de ressortir du placard un ancien formulaire qui aurait été oublié depuis quelques années !

⏱️ 2. La durée de chaque arrêt est désormais encadrée

C'est l'un des changements les plus visibles.

Depuis le 1er septembre 2026, une première prescription d'arrêt de travail ne peut en principe pas dépasser :

👉 31 jours pour l'arrêt initial

Et une prolongation ne peut en principe pas dépasser :

👉 62 jours par prescription

Ces plafonds sont prévus par le Code de la sécurité sociale et sont désormais intégrés dans la procédure applicable aux agents publics, y compris aux contractuels de la FPH.

⚠️ Attention : cela ne signifie pas qu'un agent ne peut pas être absent pendant plusieurs mois.

Cela signifie simplement que le médecin ne peut plus prescrire, en principe, un arrêt initial ou une prolongation dépassant ces durées en une seule fois.

🩺 Et il existe des dérogations

Le professionnel de santé peut déroger à ces plafonds lorsqu'il justifie, sur la prescription, que l'état de santé du patient nécessite une durée plus longue, en tenant compte notamment, lorsqu'elles existent, des recommandations de la Haute Autorité de santé.

Exemple

Un agent contractuel doit être arrêté pendant plusieurs mois.

❌ Le médecin ne pourra pas simplement établir un arrêt unique de quatre mois.

✅ Il pourra prescrire un arrêt dans la limite applicable, puis une ou plusieurs prolongations, dans les conditions prévues par les textes.

Et lorsque la situation médicale le justifie, il peut également déroger au plafond.

🔄 3. Prolonger son arrêt : qui peut le faire ?

C'est un autre point important pour les agents contractuels.

En cas de prolongation d'un arrêt de travail, le maintien de l'indemnisation est en principe conditionné au fait que la prolongation soit prescrite par :

• le médecin qui a prescrit l'arrêt initial ;

• le médecin traitant ;

• une sage-femme, dans les situations relevant de sa compétence ;

• ou un chirurgien-dentiste, dans les situations relevant de sa compétence.

Des exceptions sont prévues, notamment en cas d'impossibilité justifiée ou dans certaines situations particulières prévues par les textes.

🏥 Et en cas d'hospitalisation ?

Une prolongation peut notamment être prescrite à l'occasion d'une hospitalisation.

De même, certaines situations permettent qu'une prolongation soit établie par un autre professionnel, par exemple lorsqu'il intervient en remplacement du médecin initial ou du médecin traitant.

👉 Le message à retenir est donc simple : si votre arrêt doit être prolongé, ne choisissez pas votre prescripteur au hasard !

💶 4. Attention : les règles de rémunération des contractuels restent spécifiques

C'est ici qu'il faut bien distinguer la durée de l'arrêt et la durée pendant laquelle l'agent est rémunéré par son établissement.

Le décret n° 91-155 prévoit toujours, pour l'agent contractuel de la FPH, des droits à congé de maladie rémunéré qui dépendent notamment de son ancienneté.

Après 4 mois de services

L'agent bénéficie :

• d'1 mois à 90 % du traitement ;

• puis d'1 mois à demi-traitement.

Après 2 ans de services

Les droits sont de :

• 2 mois à 90 % du traitement ;

• puis 2 mois à demi-traitement.

Après 3 ans de services

Les droits sont de :

• 3 mois à 90 % du traitement ;

• puis 3 mois à demi-traitement.

Ces règles figurent à l'article 10 du décret n° 91-155. Elles s'appliquent aux congés pour raisons de santé débutant ou prolongés à compter du 1er septembre 2026 dans leur rédaction issue du décret de 2026.

⚠️ À ne pas confondre !

Le plafond de 31 jours / 62 jours concerne la durée de prescription médicale de l'arrêt.

Il ne signifie pas que les droits à rémunération s'arrêtent au bout de 31 ou 62 jours.

Ce sont deux sujets différents :

🩺 Durée de l'arrêt prescrit = règles médicales de prescription

💶 Maintien du traitement = règles statutaires liées notamment à l'ancienneté

👨‍⚕️ 5. Les contrôles médicaux : les contractuels aussi sont concernés

Les agents contractuels de la FPH peuvent faire l'objet d'un contrôle par un médecin agréé pendant :

• un congé de maladie ;

• un congé de grave maladie ;

• un congé consécutif à un accident du travail ;

• ou un congé pour maladie professionnelle.

Le contrôle peut intervenir à tout moment.

L'agent contractuel doit se soumettre à cet examen.

🚨 Et si l'agent refuse ?

Le refus de se soumettre au contrôle peut entraîner l'interruption du versement de la rémunération.

En cas de contestation des conclusions du médecin agréé, le conseil médical peut être saisi dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires titulaires.

Une précision importante pour les agents en CDD : la saisine du conseil médical ne prolonge pas la durée du contrat.

🏠 Contrôle administratif : une nuance importante pour les contractuels

Attention à ne pas mélanger deux dispositifs.

Le décret crée, pour les fonctionnaires, la possibilité pour l'autorité investie du pouvoir de nomination de faire procéder à un contrôle administratif de l'arrêt, notamment concernant la présence au domicile lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou pendant les heures de présence obligatoire.

👉 Cette disposition n'est pas transposée telle quelle aux agents contractuels de la FPH.

Pour les contractuels, le dispositif spécifique prévu par l'article 16 du décret n° 91-155 reste celui du contrôle par médecin agréé.

C'est donc une distinction importante à conserver dans une communication RH ou destinée aux agents.

🎓 6. Peut-on se former pendant son arrêt ?

Oui, sous certaines conditions.

Le décret introduit la possibilité, pour un agent bénéficiant d'un congé de maladie, de demander à réaliser ou poursuivre une action de formation ou un bilan de compétences afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle.

Pour les contractuels de la FPH, cette possibilité est désormais rendue applicable par le nouvel article 12-1 du décret n° 91-155, qui renvoie notamment à l'article 31-1 du décret n° 88-386.

Deux conditions importantes

L'agent doit :

1. obtenir l'avis favorable d'un médecin agréé ;

2. effectuer une démarche qui s'inscrit dans une perspective de réadaptation ou de reconversion professionnelle.

L'administration dispose ensuite d'un délai de 30 jours pour se prononcer sur la demande.

👉 L'idée n'est donc pas de transformer son arrêt maladie en période de formation professionnelle « classique ».

Le dispositif vise plutôt les situations dans lesquelles la formation ou le bilan peut contribuer à préparer la suite du parcours professionnel, notamment lorsque l'état de santé remet en question la possibilité de poursuivre les fonctions exercées.

💻 7. La médecine agréée peut désormais aussi passer par la télémédecine

Autre nouveauté : les examens médicaux réalisés par un médecin dans le cadre du suivi des congés de maladie peuvent, sous certaines conditions, être effectués à distance.

Le nouvel article 33-1 du décret n° 88-386 permet en effet que l'examen médical du fonctionnaire en congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée soit réalisé au moyen des technologies de l'information et de la communication.

Et cette disposition est également rendue applicable aux agents contractuels de la FPH par le nouvel article 12-1 du décret n° 91-155.

📱 En pratique

Cela signifie qu'un contrôle ou examen médical relevant d'un médecin agréé peut, lorsque les conditions réglementaires et médicales sont réunies, être réalisé à distance.

La télémédecine n'est donc pas automatique : elle doit respecter les règles prévues par le Code de la santé publique.

🩺 8. Et le congé de grave maladie ?

Les nouvelles dispositions concernent également le congé de grave maladie des agents contractuels.

Pour en bénéficier, l'agent doit notamment :

• être employé de manière continue ;

• justifier d'au moins 3 années de services effectifs ;

• être atteint d'une affection dûment constatée ;

• être dans l'impossibilité d'exercer son activité ;

• nécessiter un traitement et des soins prolongés ;

• et présenter une affection ayant un caractère invalidant et une gravité confirmée.

Le congé peut durer jusqu'à trois ans.

L'agent conserve :

• son intégralité de traitement pendant 12 mois ;

• puis la moitié de son traitement pendant les 24 mois suivants.

Le congé peut être accordé ou renouvelé par périodes de 3 à 6 mois.

🧩 9. Une nouveauté importante : certaines règles des fonctionnaires sont désormais appliquées aux contractuels

C'est finalement l'un des apports importants du décret pour les contractuels de la FPH.

Le nouvel article 12-1 du décret n° 91-155 prévoit que plusieurs dispositions du décret n° 88-386, qui concerne les conditions d'aptitude physique et les congés de maladie des agents de la FPH, sont désormais applicables aux contractuels.

Sont notamment concernés :

• le contrôle administratif de l'arrêt prévu à l'article 25-1 — avec toutefois la distinction évoquée plus haut sur son champ d'application ;

• la possibilité de réaliser ou poursuivre une formation ou un bilan de compétences ;

• la possibilité d'effectuer certains examens médicaux à distance.

Ces dispositions s'appliquent aux congés pour raisons de santé débutant ou prolongés à compter du 1er septembre 2026.

📝 Contractuels FPH : le récap' express

🆕 Depuis le 1er septembre 2026

👩‍⚕️ Agent contractuel FPH

📄 Arrêt papier

Formulaire Cerfa sécurisé

⏱️ Première prescription

31 jours maximum, sauf dérogation

🔄 Prolongation

62 jours maximum, sauf dérogation

👨‍⚕️ Prolongation

En principe par le prescripteur initial ou le médecin traitant, avec des exceptions prévues par les textes

💶 Rémunération

Les règles statutaires liées à l'ancienneté restent applicables

🩺 Contrôle médical

Possible à tout moment par un médecin agréé

🚨 Refus du contrôle médical

Peut entraîner l'interruption de la rémunération

⚖️ Contestation

Possibilité de saisir le conseil médical dans les conditions prévues

🎓 Formation / bilan de compétences

Possible sous conditions, notamment avec avis favorable d'un médecin agréé

💻 Examen médical à distance

Possible sous les conditions prévues par les règles de télémédecine

📅 CDD

La saisine du conseil médical ne prolonge pas la durée du contrat

🏥 Un exemple concret

Julie est infirmière contractuelle dans un établissement public de santé. Elle compte 2 ans et demi d'ancienneté.

Le 10 septembre 2026, son médecin lui prescrit un arrêt de 20 jours.

✅ La durée de l'arrêt respecte le plafond de 31 jours pour une première prescription.

Quelques semaines plus tard, son état de santé nécessite une prolongation.

Le médecin peut prescrire une prolongation dans la limite de 62 jours, sauf dérogation médicalement justifiée.

Si une nouvelle prolongation est nécessaire, Julie doit également être attentive aux règles concernant le professionnel habilité à prescrire cette prolongation.

Par ailleurs, pendant son congé, elle peut être soumise à un contrôle par un médecin agréé.

Si son état de santé nécessite finalement une réorientation professionnelle, elle pourra, sous réserve des conditions prévues par les textes et notamment de l'avis favorable du médecin agréé, demander à réaliser une formation ou un bilan de compétences dans le cadre de sa réadaptation ou de sa reconversion.

🔎 Les 5 réflexes du contractuel FPH

1️⃣ Vérifier son arrêt

Le format papier doit désormais respecter les nouvelles règles, notamment l'utilisation du formulaire sécurisé.

2️⃣ Anticiper une prolongation

Ne pas attendre le dernier moment pour organiser le renouvellement de l'arrêt.

3️⃣ Vérifier qui prescrit la prolongation

Le médecin à l'origine de l'arrêt ou le médecin traitant est en principe à privilégier, sous réserve des exceptions prévues par les textes.

4️⃣ Ne pas oublier les contrôles

Un arrêt de travail ne dispense pas l'agent de se soumettre à un contrôle médical par un médecin agréé lorsqu'il est convoqué.

5️⃣ Ne pas hésiter à regarder les dispositifs de reprise ou de reconversion

Lorsque l'état de santé rend difficile la reprise du poste, la possibilité de demander une formation ou un bilan de compétences peut constituer une piste à étudier avec les professionnels concernés.

📌 En résumé

Pour les agents contractuels de la fonction publique hospitalière, le 1er septembre 2026 marque surtout une évolution des règles relatives à la prescription et au suivi des arrêts de travail.

Les principaux changements à retenir sont :

📄 un formulaire papier sécurisé ;

⏱️ des prescriptions plafonnées à 31 jours pour l'arrêt initial et 62 jours pour les prolongations, sauf dérogation ;

🔄 des règles plus précises concernant les prolongations ;

🩺 le maintien du contrôle par médecin agréé, avec interruption possible de la rémunération en cas de refus ;

🎓 la possibilité, sous conditions, de suivre une formation ou un bilan de compétences pendant le congé de maladie dans une logique de réadaptation ou de reconversion ;

💻 et la possibilité, sous conditions, de recourir à la télémédecine pour certains examens médicaux.

⚠️ Une dernière nuance à retenir

Fonctionnaire et contractuel ne sont pas toujours soumis exactement aux mêmes règles.

Le décret rapproche certains dispositifs, mais le statut des agents contractuels reste régi par le décret n° 91-155 du 6 février 1991. Il est donc important, dans les communications RH, de ne pas transposer automatiquement à un contractuel une règle qui ne concerne que les fonctionnaires.

Textes de référence : décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires ; décret n° 91-155 du 6 février 1991 relatif aux dispositions générales applicables aux agents contractuels de la fonction publique hospitalière ; décret n° 88-386 du 19 avril 1988 relatif aux conditions d'aptitude physique et aux congés de maladie des agents de la fonction publique hospitalière.

Pour consulter le texte officiel, retrouvez le décret n° 2026-705 sur Légifrance et la présentation de Service-Public.